元气论，阴阳学说和五行学说都属于富含唯物论和辩证法的古代哲学思想。它们渗透到医学领域后，促进了中医学理论体系的确立和发展，并贯穿于整个理论体系的各个方面。其中，元气论作为一种自然观，奠定了中医理论体系的基石；阴阳学说和五行学说作为方法论，帮助人们构筑了中医理论体系的基本框架，故它们都成为中医理论体系的重要组成部分。元气论、阴阳学说和五行学说虽各有特点，但又是相互关联的。元气论着重探讨物质世界的本原，它以无形之气的聚和散来阐释有形之物与无形“虚实”之间的内在联系，从而肯定了物质世界组成的同一性。就本原来说，万物源于气，气可分阴阳；气聚合所成的具体形体，既仍具有阴阳两个方面，又可根据性质不同，划归为木火土金水五类；而每一类中复有阴阳可分。故《春秋繁露》曰：“天地之气，合而为一，分为阴阳，判为四时，列为五行。”朱熹也说，“阳变阴合，而生水火木金土；阴阳，气也，生此五行之质。”“阴阳是气，五行是质。有这质，所以做得物事出来。……不是阴阳外别有五行”(《朱子语类》)。以对人的认识为例：组成人体的气可分为阴阳两类，其之聚合而有形体，生命过程便是阴阳两气交感相错、不断相互作用的结果；形成具体的形质后，人体各个部分又可划归出五类，如五脏、五官、五体、五液、五志等，这五类中仍有阴阳可分。中医学看来，机体就是这样一个有着错综联系的复杂系统。因此，在医学领域，元气论、阴阳学说和五行学说是交错在一起，综合运用的。其中，元气论作为一种自然观，是阴阳学说和五行学说的根基。   

    阴阳学说和五行学说虽也具有自然观的某些特征，但两者对世界本原的认识从属于元气论，而更具有方法论的性质。阴阳学说着重以“一分为二”的观点，来说明相关事物或一个事物的两个方面存在着相互对立制约、互根互用、消长平衡和相互转化的关系。在承认物质世界的组成是同一的，物质世界是阴阳两气交感相错，相互作用的结果的基础上，阴阳学说用以解释宇宙，则认为整个宇宙是一个阴阳相反相成的对立统一体；用以解释人体，就把人看作是由各种既对立制约，又协调和谐的组织结构、功能活动所组成的统一体；用以解释人和自然的关系，则认为人和自然也是一个相互间既有区别，又有联系的对立着的统一体。阴阳学说的核心是“二分法”，它是用二分法来认识自然和改造自然的方法论。

    五行学说着重以“五”为基数来阐述事物之间生克制化的相互关系。五行学说认为，由气聚合而成的万物，根据其形质特点，可划归为木火土金水五类。因此，它用以解释宇宙，则认为整个宇宙是由木、火、土、金、水五类事物的生克制化所组成的整体；用以解释人体，就以五行配属五脏、五体、五官、五志等，来阐述相互之间的生克制化关系，从而把人视作为一个整体；用以解释人和自然的关系，则认为自然界的五运、六气、五方、五季和五化等都内应于脏腑组织，人的生理活动与自然环境之间同样存在着生克制化等相互联系，因此，人与环境也是一个整体。五行学说的核心是五行的生克制化，这一认识有助于人们去揭示自然界本身所存在的错综复杂的内在联系，故五行学说也属于古代社会人们认识自然和改造自然的方法沦。

    由于人的生命活动，人和自然的关系是非常复杂的，还有许许多多的问题有待于人们去探索，去认识。元气论、阴阳学说和五行学说主要是哲学范畴的自然观和方法论，各自又受着历史和社会条件的限制，带有某些自发的倾向和素朴的形式，还不能完全解释人的生理活动、病理变化及天人关系。然而，它可以提供一些认识方法和思路，因此，在实际应用中，应注重综合运用。历代医家都非常强调这一点，如《类经图翼》说：“五行即阴阳之质，阴阳即五行之气。气非质不立，质非气不行。行也者，所以行阴阳之气也。”这就充分说明在实际运用中，论阴阳往往须联系五行，言五行则必及阴阳，而两者的根基是气。只有这样，才能较好地认识人的生命过程。

    此外，还须指出的是元气论及阴阳五行学说都属于我国古代的富含辩证唯物论的哲学思想，它长于思辩，但又受着社会历史的限制，存在着较多的局限性。因此，在实际研究过程中，不能停留在元气或阴阳五行这类抽象概念的朴素阶段，而必须从实际出发，认真研究各种生理活动和病理变化，以及人与自然的一系列具体联系，使古人的朴素认识不断具体、深入，增强其科学性及指导意义，如此方能真正地继承和发展中医药学，为维护和增进人类健康作出贡献。